A Szabolcs – Beregi Egyházmegye jelenlegi területi határait 1953-ban alakították ki. A Zsinat akkor vonta egybe a Felsőszabolcsi és a csonka Beregi Egyházmegyét.
A történelmi előzmények röviden a következők.
1909-ben 2 részre osztották a Szabolcsi Egyházmegyét. Középszabolcs és Felsőszabolcs néven élt tovább, 46-46 gyülekezettel. A felsőszabolcsi részhez tartozott még Jéke, mint leányegyház, és Győröcske, mint fiókegyház. Ennek a Felsőszabolcsi Egyházmegyének esperesei voltak: 1909-18-ig Vass Mihály gégényi lelkipásztor. 1918-ben ifj. Görömbey Péter mándoki lelkipásztor. 1919-32-ig Kovács Lajos kisvárdai lelkipásztor. 1932-36-ig Kun Szabó Gyula berkeszi lelki-pásztor. 1936 októbet 1-től 1955. március 9-ig az önálló Felsőszabolcsi Egyházmegye utolsó esperese Kiss Lajos demecseri lelkipásztor volt.
A Beregi Egyházmegye egyike a legrégebbi egyházmegyéknek. Első évtizedeinek történetéről keveset tudunk, mert első jegyzőkönyve (1593) elveszett.. Bizonyos, hogy Radán Balázs 1548-ban már mint beregszászi lelkész a Beregi Egyházmegye esperes volt. Az is bizonyos, hogy 1552-ben Beregszászon tartották az egyik jelentős református zsinatot 1553-tól Kálmáncsehi Sánta Márton volt mind Munkács, mind Beregszászi református prédikátora. .Az is bizonyos, hogy a Beregi Egyházmegyének a többi traktusok felett praerogativája (előjoga) volt. Csak némely fellebbezett ügyeket tartozott a közzsinat elé terjeszteni. A lelkészeket nemcsak exmittálta, hanem ordinálta is (nemcsak kibocsátotta, hanem fel is szentelte). Eleinte tehát a traktus minden vonatkozásban független volt Debrecentől, az Egyházkerülettől. 1611-ben Túri János esperessége idején az egyházkerület sürgette a traktust, hogy minél előbb számolja fel önállóságát és egyesüljön a kerülettel. 1629-ben történt némi közeledés. Az egyházmegye kötelezte magát, hogy ezután az esperes és legalább két lelkész megjelenik a kerületi gyűléseken és közzsinatokon, de ordinálási jogáról nem mondott le. Ezt a jogát a Beregi Egyházmegye közel 300 évig,1823-ig gyakorolta is.
A XVI. század végén, 1595-ben – Vári Szárnyas Bálint seniorsága idején- 43 anyaegyházból állt, melynek több mint felében, 23 eklézsiában a lelkész mellett rektor is működött.
A XVII. században, -A Báthory Zsófia általi üldöztetésektől eltekintve – az egyházmegye fénykorát élte. Gyülekezeteinek száma megnövekedett: 65 anyaegyházból, 22 leányegyházból, összesen 87 gyülekezetből állott. Nevezetesebb esperesei voltak: Simándi Mihály (1632-1639) (aki előzőleg a Dunamelléki Egyházkerület püspöke volt). Kolozsi P. Dániel, aki a sárospataki Főiskola tanára is volt, (aki 1664-ben Báthory Zsófia üldöztetése miatt egy ideig Máramarosban bujdosott).
A XVII. század végén 70 anyaegyháza és 22 filiája volt az egyházmegyének.
A XVIII. században lényeges változás a gyülekezetek létszámára és az egyházmegyei határokra nézve nem történt. 1745-ben az egyházmegyei jegyzőkönyv 87 gyülekezetet sorol fel, ezek között 67 anya-, és 20 leányegyház volt. 27 gyülekezetben pedig külön tanító is működött. 1775 körül az egyházmegye pecsétnyomójának Dobrai József lelkészi főjegyző által való jogtalan használata újra figyelmessé tette az egyházkerületet a beregi egyházmegye ordinációjára. A kerület ismételten felszólította az egyházmegyét, hogy eme előjogáról mondjon le. Mivel ez a felszólítás is eredménytelen maradt, 1789-ben Paksi Szathmáry István püspök, Rhédey Ferenc főgondnok és Hunyadi Ferenc főjegyző generális vizitációt — püspöki egyházlátogatást — tartott Beregszászban. Ez alkalommal igyekezett a vizitáció meggyőzni a beregi papokat a papszentelés törvénytelen voltáról, de nem sok sikerrel. Az ordinálás gyakorlata a következő esperes, Kömlei Zsigmond idejében is tovább folytatódott. Csupán annyi történt, hogy az egyházmegyében megválasztott esperes a mindenkori püspök előtt tette le az esküt. Amikor azonban Vekerdi Nagy Mihály csonkapapi lelkészt választotta meg az egyházmegye 1816-ban esperesévé, azzal a feltétellel bocsátotta Debrecenbe az egyházkerülethez eskütétel végett, hogy csak akkor tegye le az esküt, ha az egyházmegye kiváltsága érintetlenül marad. A törvényesen megválasztott esperes nem akarván visszaélni választói bizalmával, nem tette le az esküt. A kerület azzal bocsátotta haza az esperest, hogy „bár az elválasztott esperes személye ellen semmi kifogás nincsen, sőt annak a traktusban dicséretesen folytatott előbbi hivatalairól meg van győződve…mindazon által addig fel nem esketi esperesét, míg a beregi traktus eddig gyakorolt ordinatióbeli jogáról le nem mond”. Vekerdi Nagy Mihály inkább lemondott, mintsem közreműködésével szűnjön meg az egyházmegye 300 éve gyakorolt kiváltsága.
A XIX. század első harmada nagy változásokat hozott a beregi egyházmegye életében is. Az egyházkerület egyházmegyéinek határrendezése során elszakították tőle a nem Bereg megyéhez tartozó egyházközségeket, és Szabolcs megyéből adtak hozzá néhányat. Így akkoriban 66 anya-, és 8 leányegyházból állt, 59 rendes, 1 nyugalmazott, 4 helyettes és 4 segédlelkész szolgált a traktusban.’ A gyülekezetekben élő reformátusok lélekszáma akkor 35.628 volt.
Közvetlenül az első világháború előtt az egyházmegye határa az egész Bereg vármegyére kiterjedt és 64 anyaegyház tartozott hozzá.
1914-től Bertók Béla beregsurányi, majd munkácsi lelkész lett az egyházmegye esperese. A csehszlovák megszállás után az anyaországtól elcsatolt 42 anya-egyházával a Beregi Egyházmegye a Ruszinszkói-Kárpátaljai Kerületben régi esperesének vezetésével tovább folytatta működését.
Amikor 1944-ben a Vörös Hadsereg megszállta Kárpátalját, s a határmeghúzással csak 22 beregi falu maradt Magyarország területén, ez a csonka Beregi Egyházmegye 1953-ig élt független egyházmegyeként. A csonka egyházmegye egyben utolsó esperese Horváth Zoltán mátyusi lelkipásztor volt.
A Zsinat 1953-ben a csonka Beregi Egyházmegye 22 gyülekezetét a Felsőszabolcsi Egyházmegyéhez csatolta, s akkor csatolták az egyházmegyéhez Ilket, Olcsvát és Olcsvaaáptit mely gyülekezetek a háború előtt a Nagykárolyi Egy-házmegyéhez tartoztak. (Ezek közül Olcsvaapáti azóta átkerült a szatmári Egyházmegyéhez). Ennek az összevont egyházmegyének volt 1955-ig esperese Kiss Lajos demecseri lelkipásztor, majd 1955-től Telkes György tarpai, majd kisvárdai lelkipásztor. 1987-ben mint tiszakanyári lelkipásztort választotta az egyházmegye esperesének Csiszár Ákost, aki abban az évben kisvárdai lelkipásztor is lett.
Miután az összevonások által a „Bereg” nevet politikai okok iatt t teljesen mellőzték, (hogy a név senkit ne is emlékeztessen az elvett kárpátaljai beregi falvakra), ezért a politikai enyhülés árnyékában az Egyházmegyei Közgyűlés, Bereg iránti tiszteletből, és azért is, hogy a név és az emlékezet megmaradjon, 1988-ban nevéhez felvette a Beregi nevet is. Miután a Közép és Alsó Szabolcs elnevezések már megszűntek, így nem volt létjogosultsága a Felsőszabolcs elnevezésnek sem. Így lett az egyházmegye neve: Szabolcs-Beregi Egyházmegye.
Az egyházmegyének jelenleg 71 gyülekezete van. Templomainak száma: 74.
